MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 1610

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017060	AAT	2	6	96	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017060	CG	3	6	119	124	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017060	ATC	2	6	148	153	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017060	CCG	2	6	182	187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_017060	T	6	6	1527	1532	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017060	T	7	7	3783	3789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017060	TATT	2	8	3807	3814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017060	ATT	2	6	3855	3860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017060	TAA	2	6	3893	3898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017060	A	6	6	3917	3922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017060	GAA	2	6	3947	3952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017060	ATG	2	6	3967	3972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017060	G	6	6	5400	5405	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017060	CTG	2	6	5484	5489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017060	TGC	2	6	5491	5496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017060	TAA	2	6	5507	5512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017060	G	6	6	6159	6164	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017060	ACGC	2	8	6181	6188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_017060	TC	3	6	6192	6197	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017060	TA	3	6	6618	6623	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017060	AAT	2	6	6633	6638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017060	CAT	2	6	6651	6656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017060	GCG	2	6	6676	6681	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017060	GC	3	6	6929	6934	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017060	GTT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017060	CGA	2	6	6968	6973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017060	GAA	2	6	7045	7050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017060	TG	3	6	7185	7190	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017060	TG	3	6	7247	7252	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017060	AC	3	6	7335	7340	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017060	TCA	2	6	7368	7373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017060	TA	3	6	8402	8407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017060	TCATT	2	10	8434	8443	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017060	TGA	2	6	9516	9521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017060	GAT	2	6	10711	10716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017060	GCA	2	6	13336	13341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017060	A	6	6	15709	15714	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017060	CAG	2	6	17925	17930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017060	AAT	2	6	20681	20686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017060	TAT	2	6	20774	20779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017060	TTAA	2	8	20783	20790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017060	GT	3	6	20819	20824	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017060	T	6	6	20852	20857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017060	GAA	2	6	20865	20870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017060	ATA	2	6	20885	20890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017060	TCAG	2	8	20912	20919	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017060	CAGCG	2	10	20929	20938	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017060	AC	3	6	21202	21207	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017060	TAA	2	6	21385	21390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017060	TAT	2	6	21431	21436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017060	AGT	2	6	22250	22255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017060	TA	3	6	22263	22268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017060	TAA	2	6	22282	22287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017060	CGC	2	6	22288	22293	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_017060	AG	3	6	26129	26134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017060	GTTTT	2	10	26156	26165	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017060	TA	3	6	26182	26187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017060	ATGA	2	8	26194	26201	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017060	CAG	2	6	26230	26235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017060	GGC	2	6	26238	26243	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017060	G	6	6	26434	26439	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017060	AAT	2	6	27503	27508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017060	TGA	2	6	27652	27657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017060	CAT	2	6	27674	27679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017060	TGA	2	6	27746	27751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017060	CAG	2	6	27757	27762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017060	TC	3	6	28575	28580	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017060	T	6	6	28607	28612	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017060	TCGT	2	8	31223	31230	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017060	CAAT	2	8	31263	31270	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017060	TCC	2	6	31317	31322	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017060	ATG	2	6	31329	31334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017060	CA	3	6	31341	31346	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017060	TAA	2	6	31350	31355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017060	GTTTTT	2	12	33725	33736	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017060	GCC	2	6	33793	33798	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_017060	A	7	7	33802	33808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017060	CAG	3	9	33829	33837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017060	CGG	2	6	33859	33864	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017060	TGC	2	6	33885	33890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017060	CA	3	6	33967	33972	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017060	CCA	2	6	34077	34082	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017060	CGC	2	6	34098	34103	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017060	CGT	2	6	34118	34123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017060	CCA	2	6	34141	34146	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_017060	GGCA	2	8	34147	34154	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017060	CGCC	2	8	34159	34166	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
88	NC_017060	GGT	3	9	34196	34204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017060	T	6	6	34247	34252	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017060	CCG	2	6	34281	34286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_017060	GCG	2	6	34303	34308	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017060	TGG	2	6	34309	34314	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017060	CGG	2	6	34336	34341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017060	TGC	2	6	34352	34357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017060	AGC	3	9	34401	34409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017060	GAA	2	6	34495	34500	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017060	GCC	2	6	34530	34535	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_017060	CGC	2	6	34568	34573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017060	CAG	2	6	34574	34579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017060	AAT	2	6	34591	34596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017060	TTCA	2	8	34605	34612	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017060	TGA	2	6	34734	34739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017060	GT	3	6	35524	35529	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017060	ATC	2	6	35546	35551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017060	TGC	2	6	35559	35564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017060	GCT	2	6	37051	37056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017060	ATG	2	6	37059	37064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017060	TTAA	2	8	37072	37079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017060	ATT	2	6	38011	38016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017060	T	6	6	38112	38117	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017060	TAT	3	9	38150	38158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017060	CCG	2	6	38183	38188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_017060	CG	3	6	38187	38192	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017060	GTTT	2	8	38198	38205	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017060	GAC	2	6	38646	38651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017060	GCA	2	6	38783	38788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017060	CTGC	2	8	38802	38809	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_017060	GC	3	6	38808	38813	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017060	T	8	8	45582	45589	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017060	AGTG	2	8	45592	45599	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017060	GCA	2	6	45635	45640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017060	CA	3	6	45646	45651	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017060	A	6	6	46807	46812	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017060	TA	3	6	47571	47576	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017060	GTC	2	6	47585	47590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017060	A	7	7	47605	47611	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017060	GTC	2	6	48287	48292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017060	A	7	7	48304	48310	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017060	TA	3	6	48429	48434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017060	GGT	2	6	52103	52108	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017060	TGT	2	6	52121	52126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017060	A	7	7	53659	53665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017060	A	8	8	53679	53686	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017060	ATC	2	6	55300	55305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017060	TAAT	2	8	55468	55475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017060	ACT	2	6	55508	55513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017060	TTCT	2	8	57033	57040	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017060	A	6	6	57047	57052	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017060	T	7	7	57072	57078	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017060	GCT	2	6	57770	57775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017060	ATT	2	6	58617	58622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017060	T	6	6	58732	58737	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017060	GCA	2	6	58812	58817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017060	TGA	2	6	58825	58830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017060	ATC	2	6	58836	58841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017060	GGA	2	6	58843	58848	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017060	GA	3	6	58879	58884	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017060	CTT	2	6	59335	59340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017060	T	6	6	59339	59344	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_017060	CGG	2	6	59623	59628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_017060	CTT	2	6	68166	68171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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284	NC_017060	ATA	2	6	91238	91243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_017060	CAT	2	6	91425	91430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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293	NC_017060	A	6	6	91622	91627	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017060	GCC	2	6	91628	91633	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
295	NC_017060	TA	3	6	91647	91652	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_017060	TTG	2	6	91664	91669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
297	NC_017060	GGAATT	2	12	92135	92146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
298	NC_017060	T	6	6	92169	92174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017060	A	6	6	92208	92213	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_017060	TAA	2	6	92314	92319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_017060	AATG	2	8	97337	97344	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
332	NC_017060	CTA	2	6	97371	97376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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383	NC_017060	TAT	2	6	107561	107566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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389	NC_017060	A	7	7	107782	107788	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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412	NC_017060	AGGC	2	8	111105	111112	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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417	NC_017060	TA	3	6	112846	112851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
418	NC_017060	TGA	2	6	112854	112859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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420	NC_017060	CAT	2	6	112886	112891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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423	NC_017060	TA	3	6	113035	113040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
424	NC_017060	T	6	6	113324	113329	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
425	NC_017060	ACA	2	6	113369	113374	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
426	NC_017060	AT	3	6	113378	113383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
427	NC_017060	TCT	2	6	113422	113427	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_017060	TTC	2	6	113432	113437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
429	NC_017060	A	7	7	113486	113492	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
430	NC_017060	TCT	2	6	115691	115696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
431	NC_017060	CA	3	6	117047	117052	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
432	NC_017060	TAA	2	6	117059	117064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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434	NC_017060	TG	3	6	117111	117116	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
435	NC_017060	ATG	2	6	117138	117143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
436	NC_017060	T	6	6	117156	117161	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
437	NC_017060	A	6	6	117195	117200	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
438	NC_017060	TAA	2	6	117230	117235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
439	NC_017060	GTC	2	6	117241	117246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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441	NC_017060	GGC	2	6	118922	118927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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443	NC_017060	A	6	6	120703	120708	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_017060	TTA	2	6	120776	120781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
445	NC_017060	A	6	6	120806	120811	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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449	NC_017060	T	6	6	120873	120878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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451	NC_017060	T	6	6	120963	120968	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_017060	CTG	2	6	121038	121043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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471	NC_017060	ATT	2	6	138604	138609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
472	NC_017060	GT	3	6	143540	143545	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
473	NC_017060	T	7	7	143571	143577	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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479	NC_017060	CCG	2	6	147332	147337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
480	NC_017060	GCT	2	6	147378	147383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
481	NC_017060	TCA	2	6	147518	147523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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483	NC_017060	CCA	2	6	147791	147796	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
484	NC_017060	CGC	2	6	147797	147802	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
485	NC_017060	GC	3	6	147812	147817	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
486	NC_017060	GCGCC	2	10	147827	147836	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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488	NC_017060	CGC	3	9	147897	147905	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
489	NC_017060	ATC	2	6	147953	147958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
490	NC_017060	CAC	2	6	147978	147983	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
491	NC_017060	TCG	2	6	148070	148075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
492	NC_017060	ACC	2	6	148155	148160	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
493	NC_017060	CG	3	6	148276	148281	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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499	NC_017060	CGC	3	9	148433	148441	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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